Ο Ναός των Ταξιαρχών βρίσκεται στο βορειανατολικό τμήμα της Άνω Πόλης. Κτίστηκε πιθανώς τον 14ο αι. και είναι διώροφος με ταφική κρύπτη. Ο ξυλόστεγος στον όροφο ναός περιβάλλεται στις τρεις πλευρές του με περίστωο, ανοιχτό δυτικά και νότια. Εξωτερικά, το μνημείο διαρθρώνεται πλαστικά με τυφλά αψιδώματα και κτιστούς ημικίονες και οι τοιχοποιίες του καλύπτονται με κεραμοπλαστικό διάκοσμο. Στους πλευρικούς τοίχους του ισογείου διαμορφώνονται τάφοι με την μορφή κτιστών ακροσολίων. Ο ναός αποδίδεται σε καθολικό μονής με κοιμητήριο των μοναχών στο ισόγειο, έχει διατυπωθεί όμως και η υπόθεση ότι πρόκειται για μονόχωρο κοιμητηριακό ναό με ταφική κρύπτη άγνωστου μοναστικού συγκροτήματος. Από την αρχική τοιχογράφηση διασώθηκαν μόνο οι σκηνές της Ανάληψης και της Πεντηκοστής αντίστοιχα στο ανατολικό και δυτικό αέτωμα του κυρίως ναού.
Κατά την οθωμανική περίοδο μετατράπηκε σε τζαμί με την ονομασία İki Şerife Camii, λόγω του διπλού εξώστη του μιναρέ σε ανάμνηση, σύμφωνα με την τοπική παράδοση, της αφιέρωσης του ναού στους Ταξιάρχες, Μιχαήλ και Γαβριήλ. Ο ναός υπέστη πολλές μετασκευές και η σημερινή μορφή είναι αποτέλεσμα της αναστήλωσης του 1953.
Στους νεότερους χρόνους διευρύνθηκε το νότιο σκέλος του περιστώου και προστέθηκε εξωνάρθηκας στα δυτικά, με αποτέλεσμα την αλλοίωση της μορφής του ναού.
Το Μπεζεστένι της Θεσσαλονίκης (κλειστή αγορά πολύτιμων ειδών και υφασμάτων) κτίστηκε πιθανότατα επί Σουλτάνου Μεχμέτ Β’ (1455-1459). Πρόκειται για έναν ορθογώνιο χώρο με τέσσερις εισόδους, μία στο μέσο κάθε πλευράς. Εσωτερικά επιμερίζεται σε έξι τετράπλευρους χώρους με τη βοήθεια διπλών τόξων που στηρίζονται σε δύο κεντρικούς πεσσούς. Οι τοιχοποιίες είναι κατασκευασμένες κατά το πλινθοπερίκλειστο σύστημα και επιστέφονται με οδοντωτά γείσα. Ο χώρος καλύπτεται με έξι ημισφαιρικούς μολυβδοσκέπαστους θόλους που στηρίζονται σε οκταγωνικά τύμπανα.
Στο Μπεζεστένι προσαρτήθηκαν σε διάφορες εποχές εξωτερικά καταστήματα στη μορφή αρχικά ξύλινων κατασκευών, με λειτουργίες διαφορετικές των εσωτερικών χρήσεων. Στο κτίριο πριν από την πυρκαγιά του 1917 φαίνεται ότι λειτουργούσαν συνολικά 113 καταστήματα. Μετά την πυρκαγιά υπέστη καταστροφές και πραγματοποιήθηκαν επεμβάσεις για την επαναλειτουργία του οικοδομήματος, που ολοκληρώθηκαν το 1927, ενώ προστέθηκαν καταστήματα εξωτερικά του κεντρικού χώρου που διατηρούνται έως σήμερα. Το μνημείο υπέστη σοβαρές βλάβες από τον σεισμό του 1978 και κατά τις περιόδους 1982-85 και 1993-96 πραγματοποιήθηκαν εργασίες στερέωσης και συντήρησης. Σήμερα το οικοδόμημα εξακολουθεί να λειτουργεί ως αγορά, κυρίως υφασμάτων, και ως επισκέψιμο μνημείο, όπου διενεργούνται και καλλιτεχνικές δράσεις, με ειδική διαμόρφωση του χώρου πάνω από το επίπεδο των καταστημάτων.
Στην περιοχή του Φοίνικα έχει αποκαλυφθεί εκτεταμένο νεκροταφείο (τέλη 5ου – μέσα 3ου αι. π.Χ.), στο οποίο, εκτός από τον μακεδονικό «τάφο του Φοίνικα», έχουν βρεθεί δεκάδες τάφοι διαφόρων τύπων, μεταξύ των οποίων και ένας αξιόλογος λιθόκτιστος κιβωτιόσχημος τάφος, που ανήκει πιθανώς σε άνδρα και χρονολογήθηκε στα 325-300 π.Χ. Εσωτερικά ο τάφος είναι διακοσμημένος με έγχρωμα κονιάματα και έναν περίτεχνο ανθοφόρο βλαστό που περιτρέχει τα τοιχώματα, θέμα αγαπητό στα ταφικά μνημεία του 4ου αι. π.Χ. Πάνω σε ξύλινη νεκρική κλίνη θα είχε τοποθετηθεί πολυτελές σκεύος με την τέφρα του νεκρού, το οποίο δεν διασώθηκε λόγω της τυμβωρυχίας. Από τη διακόσμηση της κλίνης αναφέρουμε χαρακτηριστικά τα τουλάχιστον τέσσερα επίχρυσα πήλινα πλακίδια που εικονίζουν γρύπες να σπαράσσουν ελάφι, προσφιλές διακοσμητικό στοιχείο των νεκρικών επίπλων αυτής της περιόδου. Επίχρυσα πήλινα κομβία με ανάγλυφες προτομές Αθηνάς προέρχονται πιθανώς από τον διάκοσμο του κλινοσκεπάσματος. Παρόλο που ο τάφος βρέθηκε συλημένος, διέφυγαν των τυμβωρύχων αρκετά κτερίσματα που διατηρούνται ακέραια ή σε αποσπασματική κατάσταση, όπως χρυσό και επίχρυσα χάλκινα στεφάνια, αργυρός κάνθαρος, πήλινα αγγεία, αλάβαστρα, επίχρυσες σιδερένιες στλεγγίδες και σιδερένιο ξίφος. Για τα ναύλα του ταξιδιού του στον άλλο κόσμο, ο νεκρός ήταν εφοδιασμένος με χρυσό νόμισμα Φιλίππου Β΄. Ο τάφος είναι σήμερα ορατός κάτω από γυάλινο δάπεδο, εξωτερικά της πρόσοψης πολυκαταστήματος ηλεκτρικών ειδών (πρώην Media Markt).
Το Βυζαντινό Λουτρό βρίσκεται στην περιοχή Κουλέ Καφέ στις παρυφές της Άνω Πόλης, βορείως της βυζαντινής κιστέρνας της οδού Ολυμπιάδος. Το κτίσμα, που βάσει αρχιτεκτονικών, τυπολογικών και μορφολογικών, στοιχείων και δομικών χαρακτηριστικών, δύναται να χρονολογηθεί στο β΄ μισό του 12ου ή στις αρχές του 13ου αιώνα, λειτουργούσε ως λουτρό έως το 1940, με πολυάριθμες διαχρονικά επεμβάσεις για την προσαρμογή του στις λουτρικές συνήθειες των κοινωνιών διαφορετικών περιόδων. Παρά τις πολυάριθμες επεμβάσεις που υπέστη κατά τη διάρκεια των οκτώ και πλέον αιώνων λειτουργίας του, το μνημείο, διατηρεί την τυπική τριμερή διάταξη των βυζαντινών λουτρών, με ένα προθάλαμο που θα λειτουργούσε ως αποδυτήριο, δύο διμερείς υπόκαυστους χώρους, τον χλιαρό (χλιαροψύχριον) και τον θερμό (θερμολουτήριον), και υδατοδεξαμενή.
Το μνημείο (κηρυγμένο από το 1952) αποτελεί το μεγαλύτερο και πληρέστερα σωζόμενο βυζαντινό λουτρό από τα λιγοστά που διατηρήθηκαν στον Ελλαδικό χώρο, και το μοναδικό που διασώθηκε από τα πολυάριθμα λουτρά της Θεσσαλονίκης που αναφέρονται σε βυζαντινά κείμενα. Μετά την αποκατάστασή του χρησιμοποιείται σήμερα και ως χώρος πολιτιστικών εκδηλώσεων της Εφορείας Αρχαιοτήτων Πόλης Θεσσαλονίκης.
Το βυζαντινό λουτρό της Άνω Πόλης συγκαταλέγεται στον κατάλογο μνημείων παγκόσμιας κληρονομιάς της UNESCO (Paleochristian and Byzantine Monuments of Thessalonika).
Στη διασταύρωση των οδών Εγνατίας και Βενιζέλου βρίσκεται το Χαμζά Μπέη τζαμί, γνωστό και ως «Αλκαζάρ», λόγω της λειτουργίας εκεί του ομώνυμου κινηματογράφου για μεγάλο τμήμα του 20ου αι. Πρόκειται για τον παλαιότερο σωζόμενο ισλαμικό χώρο λατρείας που κτίστηκε στην πόλη.
Το τέμενος του Χαμζά Μπέη σύμφωνα με την κτητορική επιγραφή ιδρύθηκε το 1467/8 ως μεστζίτ με τρουλαία αίθουσα προσευχής και προστώο, ρεβάκ, στη βορειοδυτική όψη. Στα μέσα του 16ου αιώνα μετατράπηκε σε τζαμί με την προσθήκη περιστώου και μιναρέ. Στα τέλη του 16ου αιώνα, συγχρόνως με την αναδιάρθρωση της κιονοστοιχίας και την ανακατασκευή της ανωδομής του περιστώου, προστέθηκε στα δυτικά τρίπλευρη στοά, η οποία σε συνδυασμό με τη βορειοδυτική πτέρυγα του περιστώου δημιούργησε τετράπλευρο αίθριο, το μοναδικό του είδους σε τζαμί του βαλκανικού χώρου με εξαίρεση σουλτανικά καθιδρύματα στην Αδριανούπολη και την Κωνσταντινούπολη. Με εξαίρεση τα οθωμανικά κιονόκρανα της δυτικής στοάς του αιθρίου, τα αρχιτεκτονικά γλυπτά του περιστυλίου είναι σπόλια της ύστερης αρχαιότητας και των βυζαντινών χρόνων.
Η επόμενη φάση του μνημείου που αναφέρεται σε επιγραφή του 1618/9 σχετίζεται με επισκευές στην ανωδομή και επιδιόρθωση των ανοιγμάτων του. Οι επεμβάσεις συνεχίστηκαν έως τις αρχές του 20ου αι. ενόσω το μνημείο λειτουργούσε ως μουσουλμανικό τέμενος, οπότε και στεγάστηκε το αίθριο με κεραμοσκεπή επί μεταλλικού σκελετού. Μετά το 1923 εντάχθηκε στα ανταλλάξιμα και περιήλθε σε ιδιώτη το 1928. Από το 1928 έως το 2006, όταν το μνημείο περιήλθε πλέον στην κυριότητα του Υπουργείου Πολιτισμού, λειτουργούσε ως εμπορικό κέντρο και κινηματογράφος έχοντας υποστεί εκτεταμένες επεμβάσεις που το κατέστησαν σχεδόν αγνώριστο. Η σύγχρονη παθολογία του μνημείου οφείλεται σε πολλούς παράγοντες και επιβαρύνθηκε από τον σεισμό του 1978 αλλά και αργότερα. Από το 2007 και εξής ξεκίνησαν ποικίλες εργασίες τεκμηρίωσης, στερέωσης, αποκατάστασης και προστασίας του μνημείου. Το έργο της αποκατάστασης του μνημείου έχει ενταχθεί στο Ταμείο Ανάκαμψης και Ανθεκτικότητας και βρίσκεται σε εξέλιξη.
Τμήμα λουτρών (θερμών), εντοπίστηκε κατά την εκσκαφή οικοπέδου στη συμβολή των οδών Κανελλοπούλου και Καθ. Ευρυγένη. Τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα ταυτίζονται με το caldarium (χώρος για το ζεστό νερό) των θερμών.
Ο σημερινός ναός της Υπαπαντής του Χριστού αποτελεί επισκευή του 1841, ωστόσο ανεγέρθηκε στη θέση γνωστής από πατριαρχικά έγγραφα βυζαντινής μονής του κυρ Ιωήλ, το καθολικό της οποίας ήταν αφιερωμένο στην Παναγία. Το μονύδριο του κυρ Ιωήλ, όπως αναφέρεται στα πατριαρχικά έγγραφα παραχωρήθηκε ως μετόχιον στη μονή της Αγίας Αναστασίας της Φαρμακολυτρίας Χαλκιδικής. Στα 1531 το ερειπωμένο μονύδριο αναστήλωσε ο ηγούμενος της Μονής Αγίας Αναστασίας Φαρμακολυτρίας, Θεωνάς, μετέπειτα μητροπολίτης Θεσσαλονίκης (±1538-1541). Ο ναός του 16ου αι. υπέστη ριζική ανακαίνιση το 1841, στην οποία οφείλεται η σημερινή μορφή της τρίκλιτης βασιλικής με ξύλινες πεσσοστοιχίες και ευρύ, πεταλόσχημο, ξύλινο γυναικωνίτη, κάτω από τον οποίο υπήρχε στα δυτικά ανοικτή στοά. Στην ανακαίνιση του 1841 ανήκει επίσης το τέμπλο με γραπτό διάκοσμο, στο οποίο ενσωματώθηκαν το βημόθυρο και εικόνες του αρχικού τέμπλου. Τις επιμελώς δομημένες εξωτερικές τοιχοποιίες του ναού κοσμούν θραύσματα ανάγλυφων αρχιτεκτονικών μελών των ρωμαϊκών και βυζαντινών χρόνων και τμήμα επιγραφής του 1272/3. Εργασίες αποκατάστασης στον ναό έγιναν μετά τον σεισμό του 1978.
Το οθωμανικό συγκρότημα που περιλάμβανε τζαμί, πτωχοκομείο και ιεροδιδασκαλείο, γνωστό με την ονομασία Αλατζά Ιμαρέτ ή Ισχάκ Πασά τζαμί, ανεγέρθηκε σε δεσπόζουσα θέση της πόλης από τον Ισχάκ Πασά, μεγάλο βεζίρη επί Μωάμεθ Β’ και βαλή της Θεσσαλονίκη επί Βαγιαζήτ Β΄. Η ανέγερση χρονολογείται στα 1484, έτος σύνταξης του αφιερωτήριου εγγράφου και επιγραφή στο υπέρθυρο της κεντρικής εισόδου. Ανήκει στην κατηγορία των πρώιμων οθωμανικών τεμενών σχήματος ανεστραμμένου Τ στην εξελιγμένη παραλλαγή ως προς το μέγεθος του χώρου προσευχής και στη σύνθετη παραλλαγή ως προς τη διάταξη των πλευρικών διαμερισμάτων, διαμορφώνοντας θολοσκεπές κιονοστήρικτο προστώο στη δυτική πλευρά.
Ο κεντρικός χώρος με τους δύο θόλους ήταν ο χώρος της προσευχής (όπου διατηρούνται τοιχογραφίες με γεωμετρικά και φυτικά θέματα), ενώ οι τέσσερις παράπλευροι χώροι χρησιμοποιούνταν για τη διδασκαλία και τα συσσίτια, καθώς λειτουργούσε παράλληλα ιεροδιδασκαλείο (μεντρεσές) και πτωχοκομείο (ιμαρέτ). Οι τοιχοποιίες του κτιρίου είναι κατασκευασμένες σύμφωνα με το πλινθοπερίκλειστο σύστημα, ενώ στον μιναρέ, από τον οποίο σήμερα σώζεται μόνο η ημιοκτάγωνη βάση προσαρτημένη στη δυτική γωνία του οικοδομήματος, είχαν χρησιμοποιηθεί χρωματιστά εφυαλωμένα πλακίδια που σχημάτιζαν ρόμβους. Στην πολύχρωμη (alaça) διακόσμηση του μιναρέ οφείλει και την ονομασία με την οποία έμεινε γνωστό ως Αλατζά Ιμαρέτ.
Οι πρώτες εκτεταμένες επισκευές στο οικοδόμημα πραγματοποιήθηκαν στη δεκαετία του 1960 μετά την κατάπτωση τμήματος του προστώου, που ανακτίστηκε, ενώ στη δεκαετία του 1990 το κεντρικό τμήμα του μνημείου επανέκτησε τη μολύβδινη επιστέγασή του. Το μνημείο έχει παραχωρηθεί σήμερα στο Δήμο Θεσσαλονίκης για τη φιλοξενία εκθέσεων / πολιτιστικών δράσεων.
Ο οχυρωματικός περίβολος της Θεσσαλονίκης διαχώριζε τον αστικό χώρο από την ύπαιθρο χώρα, ενώ πύλες ανοίγονταν στα σημεία σύνδεσης βασικών οδικών αρτηριών της ενδοχώρας με τις κεντρικές οδούς του πολεοδομικού ιστού. Από τις βυζαντινές πηγές γνωρίζουμε ότι υπήρχαν τέσσερις κύριες πύλες που ανοίγονταν στο δυτικό (Χρυσή και Ληταία) και στο ανατολικό (Κασσανδρεωτική και Νέα Χρυσή) σκέλος των τειχών, στις απολήξεις των οριζόντιων οδών (decumani), ενώ μικρότερες κυρίως πύλες ανοίγονταν σε άλλα σημεία για να εξυπηρετήσουν την επικοινωνία εντός και εκτός της οχύρωσης, το λιμάνι ή να καλύψουν στρατιωτικές ανάγκες.
Τα ιστορικά γεγονότα τεκμηριώνουν την ύπαρξη οχυρωματικού περιβόλου ήδη από την εποχή ίδρυσης της πόλης από τον Κάσσανδρο, στα 316/15 π.Χ. Ωστόσο, τα ακριβή όρια της τειχισμένης ελληνιστικής πόλης παραμένουν εν πολλοίς άγνωστα, όπως, επίσης, η θέση και τα όρια της ελληνιστικής ακρόπολης. Κατά σημεία, στα ψηλά τμήματα της πόλης και τουλάχιστον μέχρι την οδό Κασσάνδρου, η πορεία των ελληνιστικών τειχών συνέπιπτε με τις μεταγενέστερες χαράξεις.
Την κατάκτηση της Μακεδονίας από τους Ρωμαίους ακολουθεί μια μακρά περίοδος, κατά την οποία τα τείχη της πόλης πιθανότατα εγκαταλείφθηκαν για τουλάχιστον έναν αιώνα. Οι ιστορικές πηγές και τα ανασκαφικά δεδομένα επιβεβαιώνουν μια εκτενή οχυρωματική αναμόρφωση του αμυντικού συστήματος της πόλης, υπό τις απειλές των επιδρομών από τα βόρεια, η οποία φέρει ορθογώνιους πύργους και υλοποιείται τμηματικά και με διάφορες τεχνικές δόμησης, κατά τον 3ο αι. μ.Χ. και μέχρι τους χρόνους του Κωνσταντίνου Α΄. Στα ανατολικά τα όρια της ρωμαϊκής οχύρωσης διευρύνονται, για να συμπεριλάβουν την περιοχή, όπου θα ανεγερθεί το γνωστό ως ανακτορικό συγκρότημα του Γαλερίου.
Κατά τους πρωτοβυζαντινούς χρόνους (στα τέλη του 4ου αι. ή σύμφωνα με τη νεότερη έρευνα στο β΄ μισό του 5ου αι.) υλοποιείται νέο οχυρωματικό πρόγραμμα, με την οικοδόμηση του λεγόμενου «θεοδοσιανού» τείχους, εφαπτόμενου στην εξωτερική παρειά της προγενέστερης οχύρωσης. Έως τον 7ο αι. ο οχυρωματικός περίβολος δέχτηκε τέσσερις τουλάχιστον κύριες ενισχύσεις και ανακατασκευές, σε όλη την περίμετρό του. Βόρειο όριο της οχύρωσης αποτελούσε το διάμεσο τείχος, μεταξύ της Άνω Πόλης και της μεταγενέστερης Ακρόπολης. Στα πεδινά τμήματα ισχυροί τριγωνικοί πρόβολοι εναλλάσσονταν με ορθογώνιους πύργους, ενώ εξωτερικά το τείχος ενισχύθηκε με προτείχισμα. Από την πλευρά της θάλασσας την πόλη προστάτευε χαμηλό θαλάσσιο τείχος.
Κατά τη βυζαντινή περίοδο ο περίβολος των τειχών συνεχίζει να πατά πάνω στις ίδιες γραμμές χάραξης. Βόρεια του εξωτερικού πρωτοβυζαντινού τείχους διαμορφώνεται η βυζαντινή Ακρόπολη με το φρούριο του Επταπυργίου στην κορυφή της, ακολουθώντας την ίδια διάταξη εναλλαγής ορθογώνιων και τριγωνικών προβόλων στα ευπρόσβλητα σημεία. Οι διαρκείς συντηρήσεις και οικοδομικές επεμβάσεις για να αντιμετωπιστούν εχθρικές επιδρομές ή επισκευές μετά από σεισμούς ανιχνεύονται σε επιμέρους τμήματα των τειχών και χρονολογούνται με κτητορικές επιγραφές και κεραμοπλαστικά μονογράμματα (όπως το ΒΔ τμήμα της οχύρωσης, που αποτελεί κατασκευή των χρόνων του Μανουήλ Β΄ Παλαιολόγου μεταξύ των ετών 1369-1373).
Μετά την κατάκτηση της πόλης το 1430, οι Οθωμανοί ενίσχυσαν την υπάρχουσα βυζαντινή οχύρωση, προσαρμόζοντάς την στις νέες τεχνικές του πολέμου που επέβαλε η ανάπτυξη των πυροβόλων όπλων με την χρήση της πυρίτιδας από τα μέσα του 15ου αι. και μετά. Πραγματοποιούνται την περίοδο αυτή επεμβάσεις σε κομβικά αμυντικά σημεία της οχύρωσης, κυρίως στους γωνιαίους πύργους και την Ακρόπολη, που μετατράπηκαν σε οχυρά φρούρια. Ήδη αμέσως μετά την κατάκτηση αναδιαμορφώνεται από τον πρώτο οθωμανό διοικητή της πόλης το φρούριο του Επταπυργίου (Γεντί Κουλέ). Στα χρόνια του Σουλτάνου Σουλεϊμάν του Μεγαλοπρεπούς (1520-1566) ανεγείρεται στο ΝΔ άκρο της οχύρωσης το Φρούριο του Βαρδαρίου (γνωστό ως Τοπ Χανέ) για την προστασία του λιμένα και αντίστοιχα στα ανατολικά, στη συμβολή του χερσαίου με το θαλάσσιο τείχος, προστίθεται -στη θέση παλιότερου βυζαντινού πύργου- φρουριακή κατασκευή (Φρούριο της Καλαμαρίας), στη μορφή οχυρού πολυγωνικού περιβόλου, που περιέκλειε κυκλικό πύργο (Κανλί Κουλέ ή Πύργος του Αίματος), τον γνωστό μέχρι σήμερα Λευκό Πύργο. Ανάλογος κυκλικός πύργος, γνωστός ως Πύργος της Αλύσεως (Τζιντζιρλί Κουλέ), κατασκευάζεται στη βόρεια απόληξη του ανατολικού σκέλους της οχύρωσης, στην περιοχή που ήταν γνωστή στα βυζαντινά χρόνια ως Τριγώνιον, ενσωματώνοντας, επίσης, προγενέστερο βυζαντινό πύργο.
Τα τείχη που περιέβαλαν την πόλη της Θεσσαλονίκης από ξηρά και θάλασσα σε μια περίμετρο περίπου 8 χλμ. διατηρούνταν στο σύνολό τους έως τους νεότερους χρόνους. Το θαλάσσιο τείχος και τμήματα των πεδινών χερσαίων τειχών (κυρίως στο ανατολικό σκέλος της οχύρωσης) κατεδαφίζονται σταδιακά στα τέλη του 19ου αι., στο πλαίσιο αστικών μετασχηματισμών και εκσυγχρονισμού της πόλης από τις οθωμανικές αρχές. Σωστικές ανασκαφές των τελευταίων δεκαετιών έχουν φέρει ξανά στο φως κατάλοιπα από τα κατεδαφισμένα αυτά τείχη, τα οποία, με προσπάθειες της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, έχουν διατηρηθεί σε αρκετές περιπτώσεις ορατά στον σύγχρονο αστικό ιστό και αποτελούν μαζί με τα μη κατεδαφισμένα τμήματα των τειχών ένα μνημειακό σύνολο και μάρτυρα της περίκλειστης πόλης του παρελθόντος.
Ο ναός της Παναγίας Γοργοεπηκόου —γνωστός στους Θεσσαλονικείς ως Παναγούδα— ανεγέρθηκε το 1818 στον τύπο της μεταβυζαντινής ξυλόστεγης βασιλικής με γυναικωνίτη. Στην ημιυπαίθρια εξωτερική στοά στη δυτική όψη του ναού έχουν χρησιμοποιηθεί πρωτοβυζαντινά και βυζαντινά αρχιτεκτονικά μέλη. O ναός κατέλαβε τη θέση παλαιότερου ομώνυμου ναού που καταστράφηκε από πυρκαγιά το 1817.
Σύμφωνα με αρχειακές πηγές της εποχής, ο μεγάλων διαστάσεων ναός, αφιερωμένος στο Γενέσιο της Θεοτόκου, σχεδιάστηκε και ανεγέρθηκε περισσότερο διευρυμένος από ό,τι επιτρεπόταν από τις σύγχρονες διατάξεις της οθωμανικής διοίκησης και αποτελούσε το κέντρο της ευάριθμης ομώνυμης χριστιανικής συνοικίας. Από το ναό προέρχονται σημαντικά βυζαντινά κειμήλια της πόλης όπως ο χρυσοκέντητος επιτάφιος της παλαιολόγειας περιόδου που φυλάσσεται στο μουσείο Βυζαντινού Πολιτισμού, γεγονός που καθιστά πολύ πιθανή την ύπαρξη στη θέση του κάποιας βυζαντινής μονής, η οποία έχει παλαιότερα ταυτιστεί με γνωστή από βυζαντινές πηγές του 12ου έως και 14ου αι., αρχικά ανδρική και εν συνεχεία γυναικεία, μονή με την επωνυμία «Βασιλικόν».
