Στα βορειοδυτικά του καθολικού των Αγίων Αποστόλων και άλλοτε τμήμα του εκτεταμένου συγκροτήματος της βυζαντινής μονής διασώζεται ημιυπόγεια κινστέρνα, σημαντικό τμήμα του δικτύου υδροδότησης της βυζαντινής Θεσσαλονίκης, που έχει κηρυχθεί ιστορικό διατηρητέο μνημείο.
Η κινστέρνα έχει διαστάσεις 18×10μ. (πλάτος 8,27μ., μήκος 16.35μ.) και εμβαδό 135 τ.μ. Τρία ζεύγη κιόνων, στο σύνολο τους σπόλια από κτίρια της ύστερης αρχαιότητας, που συνδέονται με τόξα κατά το πλάτος της κινστέρνας, επιμερίζουν το εσωτερικό της σε τέσσερα τμήματα που καλύπτονται με ημικυλινδρικές καμάρες. Η είσοδος στο εσωτερικό της δεξαμενής γίνεται με τη μεσολάβηση κτιστής, ιδιαίτερα στενής κλίμακας, από ελαφρώς ευρύτερο άνοιγμα στη δυτική απόληξη της νότιας πλευράς. Το κατάστρωμα του δαπέδου της είναι κατασκευασμένο με ενσφράγιστες πλίνθους πρωτοβυζαντινών χρόνων σε δεύτερη χρήση. Δύο ανοίγματα που ανοίγονται στην κορυφή των θόλων, σχετίζονται με την άντληση ύδατος από το εσωτερικό της κινστέρνας σε νεότερους χρόνους.
Εξωτερικά δημιουργούνται τυφλά αψιδώματα που αντιστοιχούν στις καμάρες του εσωτερικού, στα τύμπανα των οποίων ανοίγονται στενομέτωπες φωτιστικές θυρίδες. Σχεδόν όλη η νότια όψη της κινστέρνας ήταν υπέργεια, ενώ στο κάτω μέρος της διαμορφώνονται παραστάδες που δεν αντιστοιχούν στις ημικυλινδρικές καμάρες της θολωτής στέγασής της.
Επιπλέον, εξωτερικά στη νότια όψη βρίσκονται προσκολλημένα δύο προσκτίσματα: μία κρήνη, η οποία τροφοδοτείται άμεσα από αυτήν, και μία καμαροσκεπής κατασκευή που συνδέεται με το λεγόμενο «αγίασμα». Η κρήνη είναι ένα τραπεζιόσχημο θολοσκεπές κτίσμα με δίρριχτη στέγη. Τοξωτό άνοιγμα δημιουργείται στην κύρια όψη και τροφοδοτείται με πήλινο αγωγό απευθείας από την κινστέρνα. Η θολοσκεπής κατασκευή συνέδεε την κινστέρνα με την κρήνη, που πιθανώς υπήρχε κάτω από το σήμερα σωζόμενο σε ερειπιώδη κατάσταση αγίασμα, και είναι γνωστή βιβλιογραφικά. Ανάμεσα στο σύγχρονο αγίασμα και την κινστέρνα, εκτός από άλλα κτίρια διαφόρων περιόδων που εντοπίστηκαν κατά την ανασκαφή και η κάτοψη των οποίων δεν μπορεί να αποκατασταθεί, εντοπίστηκε τοίχος μεταγενέστερος της κινστέρνας, που βαίνει παράλληλα με τον νότιο τοίχο της, δημιουργώντας διάδρομο πλάτους 1,50μ., του οποίου η στέγαση θα συνδεόταν με την πρόσβαση στην κινστέρνα.
