Στα νοτιανατολικά του ναού της του Θεού Σοφίας, στη συμβολή της οδού Μακένζυ Κίνγκ με τον πεζόδρομο της Ικτίνου βρίσκεται το Αγίασμα, γνωστό και ως κατακόμβη του Αγίου Ιωάννη. Πρόκειται για ναύδριο που κτίστηκε στις αρχές του 19ου αι. και σήμερα είναι εγκολπωμένο σε γυάλινο πρισματικό κέλυφος.
Ο χώρος του αγιάσματος, κάτω από το νεότερο ναύδριο, διαμορφώνεται εντός των χώρων αρχαιότερου υπόγειου κτίσματος που έχει ταυτιστεί με μεγάλη δεξαμενή, αποτελούμενη από δύο παράλληλες μεταξύ τους επιμήκεις αίθουσες με αψιδωτή διαμόρφωση οροφής, διαμορφωμένες εκατέρωθεν στενότερου επιμήκους διαδρόμου με αντίστοιχη κάλυψη. Εφαπτόμενη στα δυτικά του διαδρόμου υπήρχε μια κυκλική αίθουσα, με θολωτή στέγαση και οπαίο άνοιγμα στην κορυφή, όπου λειτουργούσε η εστία για τη θέρμανση των χώρων της δεξαμενής. Η λειτουργία της δεξαμενής έχει συνδεθεί με το συγκρότημα ρωμαϊκών θερμών, που αποκαλύφθηκε δυτικότερα, κατά τις ανασκαφές σε παρακείμενα οικόπεδα κατά μήκος της οδού Μακένζυ Κίνγκ.
Στον αύλειο χώρο του σημερινού ναυδρίου, δυτικά της υπόγειας δεξαμενής, διασώζονται τα αρχιτεκτονικά λείψανα περίστυλου εξαγωνικού κτίσματος με ομόκεντρη εξάλοβη κατασκευή-κολυμβήθρα, επενδεδυμένη με ορθομαρμάρωση. Το εξαγωνικό αυτό κτίσμα, που εντοπίστηκε μόλις μετά την πυρκαγιά του 1890 και ταυτίστηκε με ρωμαϊκό νυμφαίο, ερμηνεύτηκε ως πρωτοβυζαντινό βαπτιστήριο της προγενέστερης του βυζαντινού ναού της Αγίας Σοφίας, επισκοπικής βασιλικής, αξιοποιώντας την δεξαμενή στα ανατολικά ως θερμαντήρα του νερού που χρησιμοποιούνταν στις χριστιανικές τελετές. Μεταγενέστερα, φαίνεται πως το βαπτιστήριο με τις κατάλληλες μετασκευές, μετατράπηκε σε χώρο λατρείας, όπως αντίστοιχα μετασχηματίστηκε η ανενεργή πλέον δεξαμενή σε υπόγειο προσκυνηματικό χώρο και χώρο αγιάσματος. Για την πρόσβαση των πιστών στο αγίασμα κατασκευάστηκε υπόγεια στοά, ενώ παράλληλα κατασκευάστηκε και υπέργειο κτίσμα ορθογώνιας κάτοψης και αδιάγνωστης χρήσης με ψηφιδωτό δάπεδο χρονολογημένο μετά τα μέσα του 4ου αι.
Ο χώρος της κρύπτης με το αγίασμα διαπιστώθηκε πως βρισκόταν σε χρήση μέχρι και την υστεροβυζαντινή τουλάχιστον περίοδο, όπως έδειξε ο εντοπισμός επάλληλων στρώσεων από τοιχογραφίες. Στο τέλος της υστεροβυζαντινής περιόδου ή λίγο αργότερα πιθανόν χρονολογείται η τελική εγκατάλειψη της κρύπτης και η κατάχωση του χώρου. Δεν υπάρχουν μέχρι στιγμής σαφή ιστορικά και αρχαιολογικά τεκμήρια για τη σύνδεση του χώρου με συγκεκριμένο άγιο ή μάρτυρα, ούτε προκύπτει κάποια σύνδεση της σύγχρονης αφιέρωσης της κρύπτης στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο με διατήρηση παλιότερης λατρείας.
Στο χώρο διεξάγεται ανασκαφική έρευνα από την ΕΦΑΠΟΘ.
