Στην ίδια θέση όπου βρίσκεται το σημερινό μοναστήρι της Αγίας Θεοδώρας, στο κέντρο της πόλης, υπήρχε ομώνυμη μονή της βυζαντινής περιόδου. Σύμφωνα με τις πηγές, η βυζαντινή μονή, ήταν αφιερωμένη αρχικά στον Άγιο Στέφανο, όπου μόνασε η τοπική αγία από τον 9ο αι. (837) και έως το θάνατό της. Ως Αγία Θεοδώρα μνημονεύεται από τον 14ο αι., μετά την ανακομιδή στο καθολικό της μονής του μυρόβλητου λειψάνου της. Ο βυζαντινός ναός ακολουθούσε πιθανόν τον αρχιτεκτονικό τύπο του γειτονικού ναού της Αγίας Σοφίας και μαρτυρείται σε πηγές της περιόδου με το προσωνύμιο «μικρή Αγία Σοφία».
Η μονή συνέχισε να λειτουργεί κατά την οθωμανική περίοδο, γνωστή με την ονομασία Kizlar Manastir (μονή των κοριτσιών), και το καθολικό της δέχτηκε ανακαινίσεις και μετασκευές (μετά την πυρκαγιά του 1620 και στα 1707). Μέσα στον 18ο αι. το καθολικό μετατρέπεται σε ενοριακό ναό της μικρής ελληνικής συνοικίας, που δημιουργήθηκε στην έκταση της παλιάς μονής. Ο ενοριακός αυτός ναός κάηκε στην πυρκαγιά του 1890 αλλά επισκευάστηκε και ξαναλειτούργησε, για να καταστραφεί ολοσχερώς κατά την πυρκαγιά του 1917. Τμήμα του ναού εντοπίστηκε ανασκαφικά. Ο σημερινός νεοβυζαντινός ναός ανεγέρθηκε το 1935 πλησίον του κατεστραμμένου ναού, προκειμένου να τον αντικαταστήσει λειτουργικά. Από το 1974 λειτουργεί ως ανδρική μονή. Τμήμα του παλιότερου ναού εντοπίστηκε ανασκαφικά το 1999 στο πλαίσιο εργασιών για την ανέγερση νέας πτέρυγας της μονής.
